La serie se inicia en el año 2015 de la era cristiana, quince años después del primer y desastroso contacto con unos misteriosos seres conocidos como ángeles, que resultó en un cataclismo a escala mundial llamado Segundo Impacto, que redujo a la mitad la población humana en la Tierra. Para prevenir futuros ataques de ángeles, la ONU estableció en Tokio-3 la organización NERV, la cual desarrolló una serie de gigantes biomecánicos llamados Evangelion —abreviado EVA— para combatirlos. Debido a que los Evangelion solo pueden ser pilotados por adolescentes,el dirigente de NERV, Gendō Ikari, se comunica con su distanciado hijo, Shinji, para que pilote la unidad 01 de los Evangelion, y acabe con el Tercer Ángel, que se halla atacando la ciudad. Aunque al principio Shinji se niega a cooperar, acaba accediendo al ver el acto aparentemente cruel de su padre de obligar a la malherida Rei Ayanami a pilotar el EVA. A bordo del Evangelion, Shinji es dejado inconsciente al poco tiempo de comenzar la batalla, pero súbitamente el EVA actúa por sí mismo y destruye al ángel.

Tras eso, Shinji se adapta a su nueva vida en Tokio-3, viviendo con la capitana Misato Katsuragi como su tutora. En la escuela de la ciudad conoce a los que serán sus mejores amigos, Toji Suzuhara, Kensuke Aida y Hikari Horaki,así como a la enigmática Rei Ayanami, piloto de la unidad 00. Poco después, ella y Shinji se encargan de derrotar a los siguientes ángeles, Shamshel y Ramiel, objetivos que consiguen con grandes dificultades