La historia comienza con Ashitaka, el ultimo príncipe de la tribu emishi, quien da muerte a un demonio que ataca a su aldea, sin embargo por la pelea este también resulta herido. Después, al momento de mirar el cadáver del demonio descubre era el dios Jabalí. Pero esto no queda solo hay luego ashitaka comienza a tener malestares en heridas que han sido infectadas (maldecidas) por el Jabalí. Pronto comienza a colocarse de mal en peor y la anciana de la aldea le dice que valla al bosque en busca del Dios Ciervo, ya que solo el podrá liberarlo de la maldición del Jabalí.

Una ves en el bosque Ashitaka descubre que los hombres están teniendo un batalla con los protectores del bosque. Unos de esos Protectores es la Princesa Mononoke quien cuida y proteje al bosque de los hombre pues estos solo quiere destruirlo para obtener sus recursos.

Asi comienza la historia de Ashitaka y la princesa por la cura de la maldición y la protección del bosque ..